A coleção Bons Amigos Ciências é organizada em unidades que abordam temas relevantes. Essa organização das unidades em temas é um ponto de destaque da coleção, pois facilita o planejamento das aulas pelo professor.
As atividades dos livros possuem estruturas variadas e são apresentadas ao longo da teoria, de maneira integrada, tornando as aulas mais dinâmicas e envolventes.
Na coleção, as páginas de abertura das unidades apresentam imagens que se relacionam ao cotidiano dos estudantes, despertando a atenção para os temas que serão estudados.
As atividades sugeridas de forma intercalada aos textos teóricos incentivam a participação dos estudantes nas aulas e promovem a aproximação dos conteúdos às realidades de cada um.
Apresenta seções que colaboram para a formação cidadã, o projeto de vida, o desenvolvimento de habilidades de práticas de linguagem e o domínio das práticas e procedimentos da investigação científica.
O Manual do professor apresenta sugestões de trabalho com o uso de tecnologias, mas também traz alternativas para a realização de atividades instigantes mesmo sem acesso a recursos tecnológicos.
O Manual do professor traz um quadro de conteúdos anual que sugere a quantidade de aulas para trabalhar os temas e seções em cada volume. Apresenta também orientações pedagógicas, comentários que apontam as relações entre os conteúdos e os elementos da Base Nacional Comum Curricular (BNCC) e da Política Nacional de Alfabetização (PNA), sugestões de atividades extras e referências complementares que contribuem para a formação do professor.
Por meio do trabalho com Temas Contemporâneos Transversais, a seção foca na formação cidadã dos estudantes, levando-os a refletir e propor soluções para os problemas de maneira consciente, pautando-se em princípios éticos, democráticos e sustentáveis.
Busca desenvolver as habilidades da PNA relacionadas às práticas de linguagem, propondo aos estudantes explorar a compreensão de textos por meio da leitura de diferentes gêneros textuais.
Explora os procedimentos da investigação científica por meio de atividades práticas que incentivam o levantamento de hipóteses, a realização de experimentos, a observação, a análise de resultados e a elaboração de conclusões.